對于電主軸的整體冷卻，通常有液體冷卻和空氣強制冷卻兩種方式。
(1)液體冷卻是指在電主軸的內部設計冷卻水循環，在外部配備相應的冷卻機,使冷卻液體在主軸內部循環帶走內部熱量。這種冷卻方式的優點設計簡單可靠,冷卻效果較為明顯，缺點是對主軸軸芯的冷卻效果比較差,冷卻機的成本比較高。
(2)空氣強制冷卻是指在電主軸的殼體與電機定子之間設計一個強制對流的通道,電機的發熱量通過熱傳導進入到強制對流區,最后把熱量帶入空氣中,實現電主軸的恒溫工作?？諝鈴娭评鋮s具有無污染的特點。如果使用靜壓氣體軸承，可以利用靜壓氣體軸承的氣體在主軸內部循環帶走一部分電機的熱量。
